Además de pobres resultados y el gasto discrecional de alrededor de 33 millones de dólares desde su creación, la Fuerza de Tarea Conjunta (FTC) acumuló denuncias de abusos y violaciones de derechos humanos en sus casi seis años de existencia. Un monitoreo preliminar del Serpaj Paraguay reunió 37 denuncias de violaciones de derechos que involucra a miembros de la FTC, incluyendo la ejecución de seis personas en circunstancias controversiales y que el Estado paraguayo decidió no esclarecer hasta el momento. Entre estas violaciones, además, encontramos detenciones ilegales y arbitrarias, violaciones del debido proceso judicial, torturas, acoso sexual, destrucción de bienes, robo de bienes, vulneración del derecho a la educación, vulneración del derecho a la recreación, y vulneración de las libertades de expresión y manifestación. Las personas afectadas forman parte de las poblaciones campesinas de los departamentos de Concepción y San Pedro, de por sí asediadas por la inseguridad socio-económica, la presencia de narcos, pistoleros civiles contratados por agro-empresarios y bandas armadas como el Ejército del Pueblo Paraguayo (EPP) o la Asociación Campesina Armada (ACA). La mayor cantidad de estas violaciones se registraron cuando el general en situación de retiro Ramón Benítez Amarilla –hoy procesado por corrupción como titular de una dependencia aduanera- estuvo al frente de la FTC, entre agosto de 2014 y marzo de 2015. La fuerza fue creada a partir de la promulgación de la Ley 5036/13 que habilitó la presencia, sin límite de tiempo, de fuerzas militares en los departamentos de Concepción, San Pedro y Amambay. “Preocupa al Comité que dicho marco normativo establezca de facto un continuo estado de excepción y una militarización de la seguridad en el norte”, observó el Comité contra la Tortura de las Naciones Unidas durante su informe sobre Paraguay en 2017. En el mismo párrafo lamentó que el Estado no haya contestado si estaba investigando las denuncias contra sus efectivos. La militarización de las comunidades del Norte de Paraguay expone a las poblaciones rurales al uso de la fuerza bélica y a efectivos con una visión de guerra, y sin preparación para observar derechos y garantías durante los operativos. El escenario que se abrió es todavía más grave si se tiene en cuenta que a cada una de estas violaciones de la FTC, existe un fiscal y un juez que las ampara, por acción u omisión. El estatal Mecanismo Nacional de Prevención de la Tortura (MNP) documentó desde 2014 patrones de actuación del Ministerio Público en torno a imputaciones genéricas que no reúnen los requisitos mínimos y comprometen el proceso judicial. También actuaciones que vulneran la escena del crimen, las evidencias y la cadena de custodia. En uno de los casos la persona denunciante atestiguó que el fiscal interviniente participó de las sesiones de tortura de la fuerza estatal.